Les chats moines, c’est l’histoire d’un dénommé Petit Chat qui est tiraillé entre science et croyance.
Il sort d’études de médecine, mais décide d’entrer dans un monastère, se disant qu’il y a assez de médecins des corps et trop peu de médecins des âmes. Mais dès son arrivée il est confronté de nouveau à son dilemme, puisqu’un cadavre est retrouvé dans le jardin du monastère, extrêmement étrange, tout lisse , manifestement trafiqué scientifiquement. Les moines le nomment Chaoutchouc et procèdent à son enterrement. Là le côté médecin de Petit Chat reprend le dessus, et il commet le pire des sacrilèges en déterrant le corps, ne résistant pas à l’envie de l’étudier et de percer le mystère de sa matérialité, ou plutôt de sa non-matérialité.
Il va aussi être confronté, de par son choix religieux, à côtoyer des personnages pour qui le culte n’est pas un outil d’épanouissement et de réflexion, mais un prétexte à l’oppression et à la haine, qui écrase la raison au motif que Dieu décide pour le chat.
Le héros est de plus en plus perturbé quant au choix de vie qu’il a fait, d’autant plus que son enquête sur Chaoutchouc va le projeter dans des contrées où des scientifiques radicalement opposés au principe de sacralité mènent des expériences de la plus extrême immoralité…